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国际科学家团队打造AI驱动的新药发现引擎,有望将新药研发效率提升60%

2018-05-16 15:20:16

2016年,美国制药巨头礼来公司对公众宣布,其轻度阿尔茨海默病(AD)俗称老年痴呆症药物Solanezumab在三期临床试验中失败,投入上十亿美金的研发费用打水漂,在AD药物研发上巨头纷纷折戟。新药研发一向是「向死而生」的过程,权威数据表明从最初的实验室研究到最终上市,平均要花费12年时间,投入总费用约66.145亿元人民币,每一次新药的研发,都像一场赌博,但是为了帮助更多的患者,药企还是会投入重注。


2018年4月,「AI生万物」GMIC大会上云势软件受邀参加并发布与美国康奈尔大学合作、新一代AI驱动的新药发现引擎GeniusMED,目标是将新药的研发效率提升60%,并且大幅度降低研发成本。



为什么人工智能技术能够大幅提升新药研发效率?


云势软件创始人&CEO 张英男认为,AI可以大幅提升新药研发效率,一个基本的逻辑是:太多未知的病因导致了新药研发进展缓慢,包括阿尔茨海默病等众多疾病,现代医学并没有完全清楚其发病机理,而AI可以从海量数据中获得新的知识,并且对迄今为止人类无法理解的复杂病因产生见解和洞察。


首先,从新药研发流程的各个环节入手,分析每个环节解决的具体问题,并考量这些问题能否通过数据驱动的方法来更好地进行解决。张英男介绍新药研发分成4个阶段,第一个阶段,寻找靶点,目前已知的有20000多种靶点,大概需要投入2-3年的时间,而靶点分析构建与筛选,需要一个月到1年的时间;第二个阶段,寻找化合物,目前已知的有100万以上的化合物,需要在保证安全的情况下完成一对一的匹配,大概需要2-5年;第三个阶段,寻找适应症,目前已知的有4000多种疾病,至少要经过数百万,甚至数亿的量级的临床试验,才能确定安全、有效,这需要5-6年的时间;最后才能进入注册审批,包括通过FDA的审核和认证,也需要1-2年的时间。


综上所述,药物研发的每一个关键步骤,都是从若干个数据中找到合适的数据。虽然单独数据集的数据量并不大,但实际上,要在每个阶段做出最好的判断,就需要对其他阶段的数据有非常深刻的理解。因此药物科学家面临的就是一个组合「爆炸」问题。成功的药物发现过程,往往要依靠几个核心科学家的经验和判断,而人类能掌握的知识毕竟非常有限,何况在有些发病机理不明的情况下,可能还需要基于某个假说进行研发方向的决定。所以,随着人工智能时代的来临,礼来的科学家说「豪赌结束了」,从某种程度上讲非常贴切。


在以往,受限于人类的计算能力和有限的经验,并没有能力去找到全局最优解。张英男认为,新药发现也应该可以等价为一个计算问题,计算机可以比药物科学家掌握更多的数据,并从数据之间找到之前无法得到的新线索,近而做出更合理的判断,所以AI必然能够解决新药研发的效率问题,这点毋庸置疑。


GeniusMED如何附能药物研发


GeniusMED从大量数据源中整合了与药品、疾病、基因、蛋白质等相关多种药物研发数据,构建了一个大规模的综合性药物研发知识库。药物研发人员可以利用GeniusMED以高效便捷的方式探索知识库中不同实体之间的潜在联系,发现药品到疾病,以及疾病到药品的隐含药物研发路径。它可以极大地提高药物研发过程中的准确率和有效性。


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而这种研发模式典型的应用场景包括,1)药物重定向,即可以帮助企业将老药找到新的作用,继续延长其产品生命周期。也可以帮助临床医生为还没有药物的罕见病找到可行的治疗方案;2)药物组合推荐;3)药物副作用预测;4)CPI预测 等等。


在大会现场,张英男分享了两个真实的案例,第一个是蓝色小药丸被发现的故事。从首次研究治疗高血压,到重定向治疗ED,其实西非他命之后又被重定向了一次,去治疗肺动脉高血压症;第二个是落健最开始研发的目标是降压药,后来发现副作用是让头发重新生长,最终变成了治疗脱发的药品。类似的例子还很多,而GeniusMED新药发现引擎的目标,就是让这些「Happy Accident」可重复,并且可预测。


目前,利用GeniusMED的路径发现工具,云势软件已经在二甲双胍可以治疗结肠癌的结论上得到验证,给出具体的路径信息,而且这些路径信息绝大部分情况下都是现实世界中没有被发现过,纯粹是通过GeniusMED强大的学习能力,发现的全新知识。


随后,张英男分享了GeniusMED应用的两个案例,在阿尔茨海默病(AD)领域,GeniusMED已经预测了10种现有药物可能对AD治疗有效,并给出了排序。其中有3种是已经获批的药物,另外7种药物中,有3种药物正在进行相关的临床试验,从侧面说明了GeniusMED的强大。在系统性红斑狼疮探索上,GeniusMED还证明了有3款已知药物有效,另外7种药物中有2种正在进行临床试验,其余5种药物是GeniusMED计算得出的高潜力药物。


最后,张英男总结了GeniusMED的核心能力,第一是集成性,集成了多模态的数据;第二是完整性,构建了完整的关系数据;第三是可解释性,不仅能给出预测和推荐,而且可以给出原因;第四是归纳性,同样的方法,如果给更多的数据,可以发现更多的知识。张英男自信的表示,如果药企愿意分享他们失败药物的数据,云势软件就有能力从沙子中淘到金子。


云势软件是一家通过云计算,大数据和人工智能为医药行业赋能的创新公司。客户包括AstraZeneca、Bayer等世界500强企业和武田制药、华润双鹤等知名企业。主要的产品覆盖新药研发、临床、营销,三个医药行业重要领域。张英男坚信,AI会改变医疗,也会改变新药研发,希望GeniusMED在生命科学领域能够做出最大的贡献。